Ammoniak (NH3) is een zeer giftig gas dat gevormd wordt bij het uiteenvallen van organische producten. Het is ook een afvalproduct dat vrijkomt bij de stofwisseling van vissen en uitgescheiden wordt via de kieuwen.
In kleine hoeveelheden (0,2-0,5 mg) is dit gas al dodelijk, afhankelijk van de vissoort en andere factoren in het water.
Ammonium(NH4+) is op zichzelf niet zo giftig. Het gevaarlijke is dat het omgezet kan worden in het zeer giftige ammoniak (NH3) volgens volgende formule.
NH4+ + OH- <> NH3+H2O
Andere parameters van de waterkwaliteit beïnvloeden de giftigheid van ammoniak. Een verhoging van de watertemperatuur en de pH-waarde vergroot de giftigheid, terwijl de toxiciteit door een verhoging van het zoutgehalte afneemt. Indien er met behulp van commerciële kits of met behulp van een spectrofotometer een NH3-vergiftiging wordt vastgesteld, dan kan er op korte termijn het hoge ammoniakgehalte enkel verminderd worden door maximum 1/3 van het water te verversen. Hierbij moet er rekening gehouden worden met de zuurtegraad en met de temperatuur! Want het verse water mag dit absoluut niet verhogen. Deze waterverversing kan herhaald worden om de 12 uur. Op lange termijn kan het hoge ammoniakgehalte verminderen met behulp van een goede bacteriologische filter, een beperkt voedselrantsoen en een vermindering van de vispopulatie.